A nau Nossa Senhora dos Mártires perdeu-se em frente à fortaleza de São Julião da Barra a 14 ou 15 de Setembro de 1606, após seis meses de viagem e dois meses de estadia nos Açores, onde o vice-rei Aires de Saldanha, que nela havia morrido, foi enterrado.
Esta nau tinha provavelmente quatro cobertas e havia sido construída nos primeiros anos do século, provavelmente na Ribeira de Lisboa. Não tendo conseguido passar à índia em 1604 partiu com a frota do ano seguinte, sob o comando do mesmo capitão, Manuel Barreto Rolim.

A nau Nossa Senhora dos Mártires largou de Lisboa a 21 de Março de 1605 a caminho da Índia, onde devia carregar mais ou menos 500 m3 de pimenta e regressar ao reino no ano seguinte. Chegou a Goa a 28 de Setembro, após uma viagem sem incidentes, e partiu quase imediatamente para Cochim, onde devia carregar a pimenta.

Quatro meses depois, a 16 de Janeiro de 1606, a nau Nossa Senhora dos Mártires partiu de Cochim com a nau Salvação, a caminho de Lisboa, onde se haveria de perder sob um temporal de sudoeste, ao tentar entrar na barra do Rio Tejo (Figura 7). Uma relação deste naufrágio – Perdição das Naus, e das que se salvaram na Barra de Lisboa em o ano de 1606 – é referida por Diogo Barbosa de Machado no século XVIII, assinada por D. João Soares de Alarcão (1580-1618). Este relato do naufrágio deve-se ter perdido, ou desapareceu nalguma biblioteca privada e o que se sabe sobre este naufrágio vem referido num conjunto de cartas mandadas de Lisboa e de Cascais ao rei D. Filipe II (1578-1621) em Espanha.

Poucos dias após a catástrofe já se contavam quase duzentos mortos nas praias, e a imensa carga de pimenta, carregada a granel em paióis de madeira nos porões, havia-se soltado e flutuava numa imensa maré negra desde Lisboa até Cascais, ao sabor dos ventos e das correntes.

Logo que o tempo deixou, os oficiais do reino salvaram todos os bens que ficaram acessíveis e nos verões que se seguiram deve-se ter retirado a artilharia que a areia não tapou. Depois, pouco a pouco, o tempo apagou a memória desta tragédia, o mar destruiu as partes expostas do casco, corroeu-lhe os metais e estilhaçou as faianças e as porcelanas, espalhando os fragmentos pelo fundo e misturando-os com os de outros naufrágios ali ocorridos antes e depois. O maremoto de 1755 fez rolar pesadas rochas por cima dos destroços e a divulgação do escafandro autónomo trouxe a este cemitério de navios um número de curiosos impossível de determinar.

Declarado oficialmente na Capitania de Cascais, no final dos anos ’70, por uma equipa do Museu do Mar de Cascais, este sítio foi intensamente pilhado durante a década seguinte e reconhecido em 1993/94 por uma equipa de mergulhadores amadores, dirigida pelo Dr. Francisco Alves, então director do Museu Nacional de Arqueologia.

Os restos de um casco de madeira ali encontrados foram escavados entre Outubro de 1996 e Outubro de 1997 por iniciativa da comissária do pavilhão de Portugal na EXPO’98, Dra. Simonetta Luz Afonso, sob a direcção do Dr. Francisco Alves e Filipe Castro.

Esta campanha de escavações serviu de motor à criação do extinto Centro Nacional de Arqueologia Náutica e Subaquática, o organismo do Instituto Português de Arqueologia que foi responsável pelo património arqueológico subaquático português entre 1997 e 2007. Nesta primeira campanha foi realizado o registo tridimensional da estrutura de madeira preservada, e escavada uma área de cerca de 100 m2 localizada numa depressão a norte do casco. Parte do espólio foi exposta no pavilhão de Portugal na EXPO’98, e o catálogo daquele pavilhão foi inteiramente dedicado à Nossa Senhora dos Mártires.

Do espólio encontrado em 1996/97 constavam três astrolábios – agora em exposição no Museu de Marinha – dois compassos de navegação, sondas, porcelanas, faianças, potes de grés e pratos de estanho, entre milhares de artefactos e fragmentos encontrados, que incluíam materiais orgânicos excepcionalmente raros e interessantes, como os restos de duas pequenas cestas de vime, encontradas entre as cavernas do navio. A Figura seguinte apresenta alguns dos artefactos encontrados durante a campanha de escavações.

Uma investigação histórica em torno deste naufrágio permitiu desenterrar as histórias do capitão Manuel Barreto Rolim, deserdado na sequência de um casamento contra a vontade do pai, do Vice-Rei Aires de Saldanha, morto a bordo da Nossa Senhora dos Mártires à vista dos Açores, do jesuíta Francisco Rodrigues, vindo do Japão em missão ao Papa, ou do jovem grumete Cristóvão de Abreu, que sobreviveu a este naufrágio e ao da nau Nossa Senhora da Oliveira, em 1610, no Bugio, e que continuou ao serviço na Carreira da Índia até 1644, ano em que morreu a bordo da nau São Lourenço, quando já desempenhava o cargo de mestre.

Mas a importância daquele sítio não se esgota no estudo dos artefactos e na evocação da memória dos seus passageiros. A parte do casco preservada forneceu importantes pistas para a compreensão dos métodos e técnicas utilizados pelos construtores navais daquele período que ainda nos são largamente desconhecidas.

Apesar da importância histórica dos Descobrimentos e do império português, nunca antes se tinha escavado arqueologicamente uma nau da Índia. Os milhares de livros e artigos que já se escreveram sobre os descobrimentos pouco esclarecem sobre o tamanho, a forma e o desempenho dos meios de transporte dos descobridores, dos comerciantes e dos conquistadores dos séculos XVI e XVII.
A segunda campanha de escavações arqueológicas em São Julião da Barra decorreu nos verões de 1999 e 2000, e foi promovida pelo Instituto Português de Arqueologia / Centro Nacional de Arqueologia Náutica e Subaquática, em parceria com o Institute of Nautical Archaeology / Texas A&M University, e contando com o apoio da Marinha.

Os dados recolhidos nestas campanhas de escavação arqueológica serviram de base para o estudo de reconstrução de uma nau da Índia do início do século XVII, que se iniciaram em 1998 na Texas A&M University.